Die Eider war bis zur Völkerwanderung (um 500) Sprach- und Siedlungsgrenze zwischen Angeln und Jüten einerseits und Sachsen andererseits.
In der Wikingerzeit bildete sie die Grenze zwischen dem Frankenreich, das die Sachsen unterworfen hatten, und den Dänen, die im frühen Mittelalter in die Gebiete der Angeln und Jüten eingewandert waren. Aus der sächsischen Sprache entwickelte sich das Niederdeutsch, das südlich und auch in einem Gebiet nördlich der Eider bis zur Schlei gesprochen wurde. In anderen nördlichen Regionen war die Sprache Dänisch. Vereinfacht gesagt, war die Eider 300 Jahre die Grenze zwischen den Nordgermanischen und Westgermanischen Sprachen.
Nachfolger des Frankenreiches war das „Heilige Römische Reich deutscher Nation“, im Norden begrenzt durch die Eider. Es erfolgte um 1200 die Kolonisierung des Landes nördlich der Eider durch sächsische und andere Siedler, und die Eider bildete nun keine Sprach- und Gebietsgrenze mehr.
Staatsrechtlich gehörte (das später Holstein genannte Gebiet) zum „Heiligen Römischen Reich deutscher Nation“, die Region Schleswig nördlich der Eider zu Dänemark. Allerdings hieß es dann im 1460 geschlossenen Vertrag von Ribe über Schleswig und Holstein `Dat se bliven ewich tosamende ungedeelt`, das führte in der Folgezeit zu vielen Konflikten. Machtgelüste und verzwickte Verwandschaftsverhältnisse trennten zeitweise
Schleswig und Holstein nicht nur in zwei, sondern in drei oder mehr Territorien. Auch wirbelten die großen europäischen Kriege – der Dreißigjährige, der Nordische Krieg, die napoleonischen Eroberungszüge – die Machtverhältnisse durcheinander und brachten obendrein Armut in die Landesteile. Erst Ende des 18. Jahrhunderts mit dem Aufkommen des Nationalismus` in Westeuropa bahnte sich allmählich eine Lösung der komplizierten Verhältnisse an.9
Zuvor allerdings forderten die Dänen `Danmark til Eyderen`, das war die Losung der sog. Eiderdänen, dänische Nationalliberale im 19. Jhd., die das Herzogtum Schleswig in das Königreich Dänemark integrieren wollten und sich für die Eider als deutsch-dänische Grenze aussprachen. Im Gegensatz dazu forderten die deutschen Nationalliberalen, dass Schleswig zusammen mit Holstein in den Deutschen Bund aufgenommen werden sollte. Mit der sog. „nationalen Erhebung“ von 1848 begann der Krieg zwischen Dänemark und den Schleswig-Holsteinern, auf deren Seite später die Preußen und Österreicher eingriffen. 1867 war das Land endlich unter Preußen geeint. Die Eider spielte nun keine Rolle mehr als Grenzfluss.
Zur Geschichte der Eider gehört es auch, dass ein bekannter nationalsozialistischer Verbrecher sie befuhr. Heinrich Himmler, verantwortlich für die Judenvernichtung, versuchte im Mai 1945 über die Eider in Richtung Nordsee (mit dem Ziel Argentinien!) zu entkommen. Sein Unternehmen scheiterte aber, da die Brücke in Friedrichstadt bereits mit britischen Soldaten besetzt war. So musste er seine Flucht über Land fortsetzen, kam aber letztlich nur bis Lüneburg, wo er im Gefängnis Selbstmord beging.10